Současná právní úprava v osmi paragrafech obchodního zákoníku je do značné míry obecná (s výjimkou základního kogentního ustanovení - viz shora) a poskytuje poměrně široký prostor pro smluvní volnost, avšak klade vysoké nároky na kvalitu konkrétní smluvní úpravy a ošetření rizik s tím spojených.
Při uzavírání licenční smlouvy by měly brány v úvahu i základní zásady ochrany hospodářské soutěže ve smyslu české (zákon č. 143/2001 Sb., o ochraně hospodářské soutěže, v platném znění) a evropské (zejména články 81. odst. 3 a 83. odst. 1 Smlouvy o založení Evropského Společenství, Nařízení Rady č. 1/2003 o provádění pravidel hospodářské soutěže a obecných - blokových výjimek, zde pak zvláště udělenou Nařízením Komise č.772/2004 o použití čl. 81 odst. 3 Smlouvy ES na určité kategorie dohod o převodu technologií) právní úpravy a práva a povinnosti smluvních stran. Z tohoto hlediska by proto licenční smlouvy neměly obsahovat závazky, které by mohly vést k omezení, porušení nebo vyloučení hospodářské soutěže ve smyslu uvedených právních předpisů, kdy by takové závazky nespadaly pod výjimky, které jsou těmito právními předpisy tolerovány.
V některých případech, stanoví-li to zvláštní předpis, vyžaduje se k výkonu práva z licence zápis do příslušného rejstříku těchto práv, tj. v rejstříku vedeného Úřadem průmyslového vlastnictví ČR, popřípadě příslušným úřadem / institucí v zahraničí.
Poskytovatel licence je povinen bez zbytečného odkladu po uzavření smlouvy poskytnout nabyvateli veškeré podklady a informace, jež jsou potřebné k výkonu práva podle licenční smlouvy. Je třeba proto ve smlouvě, případně v její neodlučitelné příloze, přesně a vyčerpávajícím způsobem dohodnout druh a rozsah zmíněných podkladů a informací, jež jsou nezbytné k výkonu práva, které je předmětem licence.
Poskytovatel licence je obecně povinen po dobu trvání licenční smlouvy v platnosti udržovat právo k předmětu licence. Smluvní strany si však mohou dojednat, že za stanovených podmínek bude toto právo udržovat nabyvatel licence, za případné součinnosti jejího poskytovatele. To platí obdobně i při napadení průmyslového práva třetí osobou.
Poskytovatel je i po uzavření licenční smlouvy oprávněn k výkonu práva, jež je předmětem licenční smlouvy a k poskytnutí licence dalším osobám, pokud se v licenční smlouvě výslovně nezaváže tak nečinit. Poskytovatel licence je obecně povinen bez zbytečného odkladu po uzavření smlouvy poskytnout nabyvateli veškeré podklady a informace, jež jsou potřebné k výkonu práv z licence.
Nabyvatel licence na druhé straně není oprávněn přenechat výkon práv z licence jiným osobám. Nabyvatel povinen utajovat poskytnuté podklady a informace před třetími osobami, ledaže ze smlouvy nebo z povahy poskytnutých podkladů a informací vyplývá, že poskytovatel nemá zájem na jejich utajování. Přitom se za třetí osoby nepovažují osoby, jež se účastní na podnikání podnikatele a které podnikatel zavázal mlčenlivostí. Po zániku smlouvy je nabyvatel povinen poskytnuté podklady vrátit a dále utajovat poskytnuté informace do doby, kdy se stanou obecně známými. V této souvislosti uvedená povinnost utajení není dotčena ani případným odstoupením od smlouvy nebo jejím jiným zánikem (např. při nemožnosti plnění).
Pokud by byl nabyvatel omezován ve výkonu práv z licence jinými osobami nebo zjistí-li, že jiné osoby toto právo porušují, je povinen bez zbytečného odkladu o tom podat zprávu poskytovateli licence. Ten je v takovém případě povinen bez zbytečného odkladu učinit potřebná právní opatření k ochraně výkonu práva z licence. Při těchto krocích je nabyvatel licence s jejím poskytovatelem povinen účinně spolupůsobit. Při porušení povinnosti uvedené shora může nabyvateli vzniknout povinnost poskytnout náhradu způsobené škody. Potřebná právní opatření k ochraně výkonu práva nabyvatelem spočívají obvykle v podání žaloby proti tomu, kdo právo porušuje. Příslušné zákony, které zabezpečují ochranu a vymahatelnost práv průmyslového vlastnictví, mají speciální podrobnější ustanovení týkající se porušování práv.
Nebyla-li licenční smlouva sjednána na dobu určitou, lze ji vypovědět. Nestanoví-li smlouva jinou výpovědní lhůtu, nabývá výpověď účinnosti uplynutím jednoho roku od konce kalendářního měsíce, v němž byla výpověď doručena druhé straně. I licenční smlouva uzavřená na dobu určitou může podléhat výpovědi, avšak musí se na tom výslovně účastníci dohodnout ve smlouvě. Současně je pak třeba sjednat možné důvody takové výpovědi a výpovědní lhůtu včetně okamžiku, kdy nabývá účinnosti.
V příslušných zákonných ustanoveních, která se vztahují na úpravu smluvního typu licenční smlouvy, nejsou obsažena speciální ustanovení ohledně odpovědnosti poskytovatele licence za vady poskytovaného plnění v rámci dané smlouvy. Je třeba proto vycházet z obecných ustanovení o odpovědnosti za vady podle občanského zákoníku respektive obchodního zákoníku (viz shora). Jedná se o odpovědnost ze zákona a vadami je třeba rozumět vše, co snižuje možnost využití a upotřebení předmětu smlouvy nebo ji jinak znehodnocuje. Může jít o vady právní i faktické.
Poskytovatel licence má zejména odpovědnost za právní vady, tj. za tzv. právní čistotu licence, tj. že do předmětu licence nezasahují žádná práva třetích osob, že postupovaná práva k využití jsou jeho vlastnictvím a že je oprávněn s nimi nakládat a že jejich dalším užíváním ze strany nabyvatele nebudou narušena práva třetích osob.
Odpovědnost poskytovatele licence za vady faktické spočívá obecně v odpovědnosti výslovně upravené v konkrétní licenční smlouvě. Zpravidla to bývá odpovědnost za technickou realizovatelnost předaného řešení, za kompletnost a správnost předávané technické dokumentace i jiných materiálů - přitom se zpravidla sjednává příslušná reklamační lhůta a závazek poskytovatele vady v dohodnuté lhůtě odstranit.
V licenční smlouvě by měly být stanoveny i podmínky, za kterých budou sjednané platby poskytovány. Je nutno stanovit zejména způsob splatnosti úhrad, měnu úhrad a způsob zdanění.
Splatnost paušální částky a vstupního poplatku je třeba sjednat v licenční smlouvě stanoveném termínu, zpravidla je lhůta stanovena na dobu do 30 dnů od podpisu licenční smlouvy.
Splatnost běžných licenčních poplatků se stanovuje obvykle k vykazovacímu období nabyvatele, tj. čtvrtletně, pololetně, nebo jedenkrát za rok. Splatnost těchto poplatků se smluvně váže na dodání podkladů od nabyvatele, opět ve sjednaných termínech.
Minimální licenční poplatky jsou obvykle splatné zpětně, za jednoroční období. Úhrady za technickou pomoc a jiné úkony se zpravidla platí po vykonání těchto úkonů, na základě vyúčtování poskytovatele, ve lhůtách platných pro placení faktur.
V neposlední řadě je v licenční smlouvě nutno řešit i otázku případného zpoždění plateb. Pokud se liší měna, ve které je stanoven závazek (nabyvatele) k úhradě a jeho výše od měny, v níž se úhrada převádí (poskytovateli), je třeba ve smlouvě určit i směnný kurs pro přepočet obou měn (měnová doložka – lze použít na všechny částky uvedené v licenční smlouvě).
V případech, kdy to je relevantní by licenční smlouva měla obsahovat i ustanovení o způsobu zdanění poskytovaných úhrad (případně i s ohledem na dohody o zamezení dvojího zdanění).